Es posible diferenciar tres tipos de ecosistemas muy marcados:
Esta vegetación se ve alterada por la gran concentración de aves en las islas. Este hecho hace que ésta albergue unas especies diferentes a las que existen en el continente, ya que las condiciones que deben soportar son significativamente distintas: constante pisoteo de gaviotas, excrementos, etc. Estas condiciones hacen de éste un ecosistema peculiar y de características muy singulares.
Este tipo de ecosistema es de gran relevancia en el archipiélago, debido a que en las Islas Cíes todavía se conservan sistemas dunares muy desarrollados, contando con dunas embrionarias a fijas o remontantes, lo que propicia el desarrollo de especies vegetales que no suelen ser comunes en otros lugares.
Estos ecosistemas acogen especies de flora vascular amenazada o con alto interés de conservación. Siendo algunas la única población de la región, como es el caso de Armeria Pungens. En las Cíes se encuentra su única población gallega y seguramente del norte de España. En Europa sólo existen poblaciones aisladas, por lo que se hace vital su protección.
También la Camarina es una importante planta dunar que se encuentra en fuerte regresión en el norte de España. Además, estos hábitats son zonas de alimentación de reptiles y zonas de refugio y cría de aves como el chorlitejo (Charadrius alexandrinus).
Constituyen la mayor parte de la superficie terrestre de las islas, contando con comunidades de plantas leñosas autóctonas.
A pesar de que las condiciones ambientales del archipiélago favorecen el desarrollo de vegetación de matorral, también se localizan plantaciones forestales dominados por especies alóctonas, formado principalmente por eucaliptos, acacias y pinos. Existen, además, pequeños núcleos de rodales de arbolado autóctono de roble melojo (Quercus pyrenaica), madroños (Arbus unedo) o abedules (Betula celtiberica), considerados hábitats de interés comunitario.