Incluso algunos autores han llegado a sostener la presencia de Julio Cesar en las Islas durante su persecución a los pueblos herminios. Pero éste no es más que un anecdótico episodio, si bien han sido otros muchos los que se han ido sucediendo a lo largo de la historia de las Islas Cíes.
Así, éstas han sido hogar del hombre durante largos periodos de la historia. Se han encontrado evidencias de poblaciones ya en el Paleolítico y Neolítico, por el descubrimiento de algunos bifaces en la Isla Norte, aunque no fue hasta la Edad del Hierro cuando se llegó a constituir un verdadero asentamiento. De esta época data el poblado conocido como As Hortas, que se sitúa en la ladera del Monte Faro y que también fue ocupado durante la época de los romanos. Los hallazgos encontrados en estos restos son un testimonio de que sus habitantes se alimentaban de mariscos y pescados de aguas cercanas y de que, probablemente, tenían relaciones comerciales con la gente de la costa.
Durante la Edad Media, este enclave considerado idóneo para el retiro espiritual, fue utilizado para el asentamiento de dos conventos-eremitorios: San Martiño en la isla sur y San Estevo en la Isla del Medio. Sobre las ruinas del monasterio de San Estevo, se construyó el actual Centro de interpretación. En el siglo XVI las islas fueron despobladas, hecho provocado por los continuos ataques de los piratas turcos, tunecinos e ingleses, entre los que destaca el famoso Francis Drake. Debido a estos ataques, en el siglo XIX se llevaron a cabo varios planes de fortificación, lo que propició una mayor confianza y repoblación e instalación de nuevas actividades:
A partir del siglo XX comenzó de nuevo su despoblación y fue en aumento el interés turístico de las clases más acomodadas. Fue a partir de los años 50 que despertó finalmente la actividad del turismo.