O medio terrestre presenta hábitats de relevancia ecolóxica que acollen especies de fauna e flora endémica, especies en perigo rexistradas na Lista Vermella da Flora Vascular Española, especies de distribución restrinxida e singularidades evolutivas que converten ás Illas Cíes en potenciais zonas de interese natural para a conservación da biodiversidade a nivel mundial.
A paisaxe vexetal que se atopa nestas illas é rico e diverso, resultado principalmente da confluencia de factores ambientais (orografía, climatoloxía, etc.) e do seu alto aporte de nutrientes debido ao aporte masivo de excrementos de gaivotas. Estas condicións condicionaron o desenvolvemento de novas comunidades vexetais nitrófilas, como poden ser, Cochleario-Matricarietum maritimae ou Calendulo-Parietarietum judaicae entre outras.
As landas e as matogueiras de zonas temperadas dominan a cuberta vexetal do arquipélago, estendéndose polos acantilados, sistemas dunares e ladeiras das illas, con especies endémicas da rexión galaico-portuguesa e especies catalogadas en perigo crítico tanto para España como a nivel mundial.
Ademais, as peculiares características climáticas deste arquipélago, debido a súa localización como zona fronteira entre biorrexións, fai que coexistan especies de latitudes frías e cálidas, incluíndo especies endémicas do Atlántico e Mediterráneo.
A fauna terrestre é lixeiramente menos representativa que a mariña, se ben denota gran relevancia ligada fundamentalmente á importancia das colonias de aves que nelas habitan.