Unha das grandes anécdotas principais ligadas á historia patrimonial das Illas, é que os romanos falaban delas como as Illas dos Deuses ou Afortunadas, facendo referencia xa naquela época á beleza natural única das que son posuidoras.
Incluso algúns autores chegaron a soster a presenza de Xulio César nas Illas durante a súa persecución aos pobos herminios. Pero isto no é máis que un anecdótico episodio, se ben foron moitos outros os que se foron sucedendo ao longo da historia das Illas Cíes.
Así, as Illas foron fogar do home durante longos períodos da historia. Encontráronse evidencias de poboacións xa no Paleolítico e Neolítico, debido ao descubrimento de algúns bifaces na Illa Norte, aínda que non foi ata a Idade de Ferro cando se chegou a constituír un verdadeiro asentamento. Desta época data o asentamento coñecido como As Hortas, que se sitúa na ladeira do Monte Faro e que tamén foi ocupado durante a época dos romanos. Os achados atopados nestes restos son un testemuño de que os seus habitantes alimentábanse de mariscos e peixes de augas próximas e de que, posiblemente, tiñan relacións comerciais coa xente da costa.
Durante a Idade Media, este enclave considerado idóneo para o retiro espiritual foi utilizado para o asentamento de dous conventos-eremitorios: San Martiño na illa sur e San Estevo na Illa do Medio. Sobre as ruínas do mosteiro de San Estevo, construíuse o actual Centro de interpretación. No século XVI as illas foron despoboadas, feito provocado polos continuos ataques dos piratas turcos, tunisianos e ingleses, entre os que destaca o famoso Francis Drake. Debido a estes ataques, no século XIX leváronse a cabo varios plans de fortifcación, o que propiciou una maior confanza e repoboación e instalación de novas actividades:
A partir do século XX comezou de novo a súa despoboación e foi en aumento o interese turístico das clases máis acomodadas. Foi a partir dos anos 50 que espertou fnalmente a actividade do turismo.