O medio mariño que rodea o arquipélago pode considerarse o valor máis destacable das Illas, non só por extensión (86% da superficie total de Cíes, con 2.658 hectáreas) e a riqueza ecolóxica dos seus hábitats e comunidades, senón polos fenómenos oceanográficos e procesos ecolóxicos que nel se citan e que confiren ás illas unhas características exclusivas e singulares para o desenvolvemento da vida mariña.
A rica e representativa biodiversidade mariña da rexión mantense grazas á elevada produtividade das súas augas con altos niveis de nutrientes, consecuencia fundamental das condicións oceanográficas das Illas Cíes, dos procesos de escorrentía terrestre e do afloramento costeiro, sendo este último o que maior influencia exerce. A alta produtividade dá cabida a grandes predadores como mamíferos mariños e peixes que se adentran nas augas da plataforma galega e forman poboacións residentes ou as empregan como ruta de paso, algunhas con poboacións en declive en todo o mundo.
A diversidade de fondos que se dan nas Illas reside fundamentalmente na pluralidade dos seus substratos, a riqueza de recursos e os diferentes graos de exposición que presentan as vertentes do arquipélago.
A lagoa somera entre as illas de Monteagudo e do Faro é unha lagoa de auga salgada cunha elevada biodiversidade. Coñécese co nome de Lago dos Nenos.
Os peixes desta zona, presentan normalmente formas hidrodinámicas e acostuman a vivir agrupados en bancos. Adoitan carecer de cores vistosas, xa que necesitan camuflarse coa columna de auga.